Vergi İncelemesi, incelemeye yetkili kişilerin (Vergi Denetmenleri ve Yardımcıları, Maliye Müfettişleri ve Yardımcıları, Gelirler Kontrolörleri, Hesap Uzmanları..) mükelleften defter belge ibrazı talebiyle yada re’sen inceleme talebini VUK Md. 142-148 uyarınca mahkemelerden (sulh Ceza Hakimlikleri..) bir arama kararı alınması ile, bazı durumlarda da yoklama (VUK Madde 127) ile mükellefin özel defter ve kayıtlarını ele geçirerek başlamaktadır.

Dolayısıyla mükellefin önceden haberdar edildiği durumlar olduğu gibi, haber verilmeksizin de inceleme yapılmaktadır. Önceden inceleme yapılan yada re’sen tarhiyat yapılan dönemlerle ilgili yeniden inceleme yapılabilir.

Vergide denetim, mükellefin zamanaşımı dolmamış (vergi alacağının doğduğu takvim yılını takip eden yılın başından başlayarak beş yıl) dönemden, tamamlanmamış güncel hesap dönemine kadar yapılabilir.

İncelemeye tabi muhasebe kayıtlarının tetkiki, kural olarak mükellefin iş yerinde yapılır. İş yerinin müsait olmaması, ölüm, işin terk edilmesi gibi sebeplerle yerinde incelemenin imkansızlaşır ise yada mükellefin ve vergi sorumlularının istek ve talebi ile inceleme dairede (Vergi Dairesi, Vergi Denetim Kurulu Başkanlıkları) yapılabilir. Bu durumda lüzumlu defter ve belgelerin daireye getirmesi mükellef veya sorumludan yazılı olarak talep edilir.

İncelemenin dairede yapılması gereken hallerde defter ve belgelerin yazılı talep tarihinden, talepte yazılı zaman dilimi içerisinde (en aşağı 15 gün verilmektedir) mazeretsiz olarak getirmeyenler hakkında VUK Md. 139 yollamasıyla VUK Md. 359 uyarınca ceza yargılaması yapılır.

Yetkili inceleme memurları, mükellef ve sorumluların oluru dışında resmi çalışma saatleri dışında inceleme yapamazlar (tutanak ve emniyet tedbirleri hariç). İnceleme bitiminde (bitimi kanaat ve sonuç ile yapılır), mükellef veya sorumluya belge ve tutanak hazırlanarak teslim edilir.

Kural olarak mükellefin yasal defter ve belgeleri üzerinden yapılan inceleme için gerekli harici belgeler ise üçüncü kişilerden yazıyla talep ve temin edilir. İnceleme sürecinde toplanan belge ve deliller mükellefin lehine veya aleyhine kullanılabileceğinden vergi denetmeni için de, mükellefin avukatı için de büyük öneme sahiptir.

VUK Md. 3 uyarınca vergiyi doğuran olay ve vergiyi doğuran olaya ilişkin işlem ve eylemlerin gerçek mahiyeti esastır ve bu durum, yemin hariç her türlü delille ispatlanabilir. Hem vergi incelemesinin aşamalarında hem de mükellefin karşı delillendirme çabası için gerek mükellefin gerekse üçüncü kişilerin ifadesine de başvurabilir. Vergi sorumlusunun ifadesi, meslek sırrı kapsamında değerlendirilmektedir. Gerek duyulan hallerde, vergilendirme ile ilgili olaylar ve hesap durumları ayrıca tutanaklar ile belgelendirilebilir.

İtiraz ve karşıt düşünceler mevcutsa bunlar da tutanağa geçirilmek zorundadır. Bu tutanakların birer asıl nüshasının mükellefe veya nezdinde inceleme yapılan üçüncü kişiye verilmesi zorunludur. İlgililerin tutanakları imzalamaktan imtina etmesi (çekinmesi) halinde tutanak konusu defter ve belgeler, incelemeye muhatap edilen mükelleften alınır ve inceleme sonucu tarh edilen vergi ve cezalar kesinleşinceye kadar inceleme merciinde muhafaza edilir. İnceleme sonucu suç deliline ulaşılmamış ise, mükellef ve sorumlu bu tutanakları imzalayarak defter ve belgeleri geri alabilirler.